Pour C.S. Lewis, la prière n’a rien de magique. Il s'agit simplement d'une discussion avec Dieu. Mais, en même temps, la prière est beaucoup plus profonde qu’une simple conversation sous la forme d’une liste de souhaits comme celle que les enfants font au Père Noël.
D’après Lewis, la plus grande signification de la prière est qu’elle aide à changer les gens en ce que Dieu veut qu’ils soient. Lewis distingue aussi l’importance d’autres raisons pour prier, mais le sens le plus puissant pour lui est cette notion de changement qu’il a expérimenté durant ses communications avec Dieu : c’est ce qui l’amène à s’agenouiller. Il a découvert dans sa vie de prière que la plus grande bénédiction est lorsque Dieu, par pitié, détruit les fausses perceptions que Lewis avait de Dieu. Lewis avait plus de joie lorsqu’il se levait après sa prière et qu’il se disait à lui-même : « … mais je ne le savais pas avant. »
Jésus donne la prière « Notre Père » dans Matthieu 6.9-13 comme un modèle pour ses disciples. Au cœur de cette prière, Jésus nous dit de demander que la volonté de Dieu « soit faite sur la terre comme au ciel ». Lewis dit que ce but est achevé pour un croyant à la fois – avec la volonté de Dieu naissante, à travers la prière, le croyant de ce fait devient le véhicule à travers lequel la volonté de Dieu s’accomplit.
La prière est utilisée pour transformer les croyants et leur permettre de se rendre à la volonté de Dieu, mais Lewis pense aussi que la prière inclus de demander à Dieu nos désirs et nos besoins. Cependant, il rappelle aux lecteurs que la nature de la requête « peut ou peut ne pas être accordée. » Pour Lewis, l’idée que notre requête ne puisse pas être acceptée de la manière à laquelle nous espérions n’indique rien de mauvais ou de bizarre par rapport à Dieu. Au contraire, c’est une issue avec « des créatures finies et idiotes » qui demandent des choses qui peuvent, si nous pouvions savoir le commencement depuis la fin, être exactement l’opposé de ce que nous voulions réellement demander. Lewis se demande « si Dieu avait réalisé toute les prières idiotes que j’ai fait dans ma vie, où serais-je aujourd’hui ? »
Aussi importante que le « Notre Père » est pour notre compréhension de la prière, Lewis crois que la prière de Jésus dans le jardin de Gethsémani la nuit précédent sa crucifixion (voir Matthieu 36.36-46) est un aussi bon modèle pour les chrétiens. Lewis appuie le faite que Jésus soumis sa propre volonté à celle de son Père, c’est le pouvoir transformatif de la prière. Cet effet transformatif permet à une personne de dire « Que ton règne vienne » et ajouter à ces mots « par moi – maintenant » !
La prière de Christ à Gethsémani est la pierre d’angle de la pensée de Lewis par rapport à la prière. Il a même suggéré que « pour la plupart d’entre nous, c’est le seul modèle. » Son opinion est que tout enseignement sur les réponses aux prières, sur le but de la prière ou sur les effets de la prière doivent tenir compte de cette prière de Christ.
D’après Lewis, la prière de Gethsémani offre aussi une réponse à ceux qui croient que Dieu répondra à leurs prières aussi longtemps qu’ils auront assez de foi. Comment pouvez-vous espérer que vos souhaits soient remplis, dit Lewis, si la personne qui a eu la plus grande foi sur cette terre a prié trois fois et a été à chaque fois nié ? De même, Lewis utilise le même argument contre ceux qui pensent que les prières exaucées sont des signes que la personne qui a prié est une favorite de Dieu. Sûrement le refus du souhait de Christ à « Gethsémani est une assez grande réponse à cela ».